La red hidrográfica esta constituida en su sector más meridional por el río Genil, cauce principal que recorre toda la Vega y por el Cubillas o de Pinos y Velillos que aparecen por el noroeste del municipio hasta desembocar en el primero.
Todas las sierras sub-béticas del borde norte drenan hacia la depresión mediante los ríos Cubillas, Colomera y Velillos que aportan un caudal significativo al Geníl por el mangen derecho.

La distribución de las aguas son antiquísimas remontándose incluso a la época romana como es el caso del Canal de Deifontes cuyo cometido es el abastecimiento del agua potable. Destacar ya en Pinos Puente la Media Luna de Bucor, Media Luna de Pinos y Media Luna del Sombrerito, siendo estas obras hidráulicas de distribución y abastecimiento para las distintas partes de la Vega, saliendo de sus márgenes acequias principales o madres, y discurriendo éstas por toda la Vega.

También hay que hablar de "la Boca Mina", se trataba de dar agua del río de Pinos al río de Velillos, a través de un ramal subterráneo que posiblemente fuese de construcción Ibero - Romana, ya que atraviesa la antigua ciudad de Ilurco, hasta desembocar en el Velillos.