Tenemos conocimiento de sus primeros pobladores a través de la "Necrópolis del Neolítico", poco conocida pero muy importante, ubicada en las canteras de Zujaira. Estas han sido explotadas, hasta época reciente, por las diferentes culturas que han pasado por la zona por la calidad de las piedras y facilidad para trabajar con ellas.
El nombre "Zujaira" o "Sujaira" empieza a aparecer en esta zona durante el periodo arabe, haciendo alusión a la zona próxima al "Peñón". Aquí se construyeron casas de labranza ("alquerías") que no llegaron a constituirse en entidades de población.
Zujaira llegó a ser parte del patrimonio de los últimos reyes nazaríes del Reino de Granada. Más tarde pasaría a manos de propietarios cristianos tras ser vendida por parte de "Aixa" (madre de "Boabdil el Chico") a Luis Ruiz de Valdivia y Guzman, quien procedía de las tierras castellanas de Campoo.
A comienzos del siglo XIX se edifica la "Casa Grande" que será la primera construcción que se levanta sobre lo que hoy es el pueblo de Zujaira. A su alrededor empiezan a surgir las primeras calles formadas por viviendas habitadas por colonos que trabajan la tierra a renta. A partir de este momento el pueblo va creciendo hasta llegar a ser lo que conocemos en la actualidad.